医院感染病原体因感染部位、年龄、基础疾病、所接受的诊疗措施及抗菌药物使用等存在差异。理论上几乎所有病原体都可以导致医院感染，但各类病原体在医院感染中的发生率不同。细菌是医院感染的主要病因体，尤其是条件致病菌（如表皮葡萄球菌、不动杆菌等）和具有耐药性或多重耐药性（金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肠杆菌科细菌等）的细菌较常见。